Sau 3 tuần tranh tài quyết liệt, giải bóng đá NIIT CUP 2009 đã bước xác định được 4 đội mạnh nhất vào giai đoạn loại trực tiếp hào hứng và hấp dẫn. Vào Chủ Nhật, ngày 13/12/2009, tại sân bóng số 05 – CLB bóng đá Huỳnh Tấn đã diễn ra 2 trận bán kết của giải.

Tại trận bán kết 1, với sự tương đồng về lực lượng nên trận đấu đã diễn ra rất hấp dẫn và căng thẳng. Và đội biết tận dụng cơ hội tốt hơn đã vượt lên dẫn trước là đội NIIT Bình Thạnh. Với sự nổ lực và cố gắng đội NIIT Phú Nhuận đã có cuộc rượt đuổi tỷ số căng thẳng, nhưng với sự chuẩn bị lực lượng chu đáo và biết tận dụng cơ hội dứt điểm tốt hơn, đội NIIT Bình Thạnh đã kết thúc trận đấu với tỷ số 6-2.   Tại trận bán kết 2, với sức trẻ và kỹ thuật vượt trội đội bóng NIIT Nhà Rồng đã thắng cách biệt đội NIIT Faculty với tỷ số 6-0. Với sự chuẩn bị và dàn cầu thủ đồng đều , NIIT Nhà Rồng đã trở thành ứng viên sáng giá cho chức vô địch giải bóng đá NIIT CUP 2009 và đối thủ của họ sẽ là NIIT Bình Thạnh – đội có hang công mạnh nhất giải năm nay.